да, большинство с пересадкой в Пизе.
электронный билет обменивать не нужно. электронный компостировать не нужно (правда, смысла в покупке электронного билета на региональный поезд немного: но тут уж на вкус и цвет - между Флоренцией и ЛаСпецией/Генуей много поездов курсирует)
Во Флоренции Вы далеко от центра будете жить? если не очень, то не уверен на счет проездного - весь город компактен.
есть проездной на 3 и 7 дней (12 и 18 евро соответственно:
http://www.ataf.net/...). и да, в tabacchi можно купить такие билеты