Про общественный транспорт ничего сказать не могу, ни разу не пользовался. С арендованным авто есть ряд важных моментов.
1. Обязательно международные права (внутри страны ни разу не спрашивали, но для выезда за границу арендные конторы потребовали у моего шурина буквально в этом году.)
2. Оставить машину в Скопье, т.е. использование только в одну сторону может не получиться. Это могут быть ТОЛЬКО крупные международные прокатные конторы, но у греков проблемы с Македонией по поводу названия страны и они могут отказать в одностороннем использовании.
3. Имейте в виду, что если у вас будет отметка пребывания в Македонии в паспорте, то следующий раз могут возникнуть проблемы с получением визы именно в Грецию. Именно такая история произошла у меня в прошлом году, пришлось менять паспорт. Об этой истории можно прочитать здесь
https://redcat.tourister.ru/blog/7994