Т.к. билет не единый, то ,скорее всего, багаж у Вас примут только до Сеула, а там придется его получать. В этом случае Вам придется проходить в аэропорту Сеула паспортный контроль, потом регестрироваться на рейс до Хабаровска и там сдавать багаж.
Но, поверьте, это совершенно не проблема. Я так же летел через Сеул в Москву имея раздельные билеты и между рейсами у меня было меньше полутора часов - все успел и без всякой беготни. Паспортный контроль пройдете быстро, визу для посещения Ю. Кореи, с 01 января 2014 года года, гражданам России получать не надо.