Думаю, что только самолёт. Раньше был паром, но если не ошибаюсь, уже N-лет паромов нет. Да самолётом и на много удобнее. Ведь Вы прилетите в Бен-Гурион, от которого до Тель-Авива километров 15, а до Иерусалима порядка 50. Весь пассажирский морской транспорт приходил в Хайфу. А это 100км от Тель-Авива, и соответственно 170 от Иерусалима.
С Кипра в Израиль есть много рейсов, из разных городов. Время полёта, меньше часа.