Конечно можно, Вы можете сесть на любой станции пути следования поезда.оформляется транзитная виза также как и для всех остальных. Когда покупаете жд билеты на сайте, вас спросят:Нужна ли виза, Да нужна. Переходите на сайт по ссылке, заполняете данные. Визу вам пришлют на почту дня за 3 до отъезда поезда. Эту же визу ещё раз раздаст проводник поезда при посадке.
Раз документально покупка тура ничем не закреплена, то и обязательств никаких не возникло ни у одной стороны. В том числе и уплату 50 рублей Вам доказать будет нечем, то есть их не вернёте.