До автовокзала совершенно спокойно и удобно можно доехать на метро: из аэропорта садителсь на метро, езжайте до конца, там - пересадка на серую ветку, до станции Méndez Alvaro.
Автобусы до Лиссабона ходят ежедневно, вот сайт с информацией:
http://www.estacionautobusesmadrid.com/...Билеты можно купить в тот же день в кассах автовокзала.
Стоимость билета в одну сторону - 44 евро, в обе - 73 евро на человека.