На Бари надо как минимум 2 полноценных дня, для того что бы просто посмотреть остальные города хватит и по 1 дню, но физически это тяжело каждый день переезжать.
В Таранто есть что посмотреть! город совершенно нетипичный для Южной Италии, но 3 дня на него, действительно, много. Я там пробыла пол дня - этого однозначно мало!
В Матеру можно и из Таранто и из Бари - если на машине разница нет, но вот если на поезде, то из бари точно лучше, можно даже на электричке-"душегубке" скатать за сущие копейки, но комфорта никакого, в жару хуже нашего метро, а ехать, наверное, пару часов, если не больше.