Думаю, лучше долететь до Милана (гораздо чаще и дешевле). дальше поездом (скоростные поезда лучше покупать билеты заранее - www.trenitalia.com или www.italotreno.it)
Вариант с Пизой не выглядит оптимальным - нет прямых перелетов, как до Милана. Да и переезд из Пизы до Генуи вряд ли будет сильно отличаться по продолжительности.
