Своим основанием Эгер обязан святому Иштвану. Первый христианский король Венгрии создал в северной части своего государства епископство, и вокруг кафедрального собора новой епархии выросли первые городские кварталы. Место на стыке равнин и холмистой части страны оказалось выбрано удачно, через Эгер протянулись торговые маршруты в самые разные уголки региона. Местные жители успешно богатели за счёт операций купли-продажи, большой доход с XI–XII веков стало им давать и виноделие, традиции которого сохранились и по сей день.
Во время монгольского нашествия на страны Восточной Европы Эгер разделил участь многих других городов, то есть был разграблен и частично сожжён. Восстановить былой уровень процветания горожанам удалось спустя несколько десятилетий после погрома. Пика развития средневековый Эгер достиг в XIV–XV веках, когда его размеры значительно увеличились. Тогда же для защиты населения была построена внушительная крепость, ставшая затем местом драматических событий: в 1552 году горстка солдат, которой командовал капитан Иштван Добо, сумела удержать оборону, несмотря на натиск турецких полчищ. Однако в конце XVI века Эгер всё-таки оказался под властью Османской империи. Захватчики сделали его столицей нового вилайета, церкви они превратили в мечети, построили ряд зданий восточного типа.
Когда христиане отвоевали территорию Венгрии назад, Эгеру понадобилось значительное время, чтобы забыть о тёмном периоде истории. Новая эпоха процветания пришлась на XVIII век, когда экономический подъём позволил местным властям буквально преобразить город. В центральных кварталах появилось множество зданий в стиле барокко, и с той поры Эгер считается барочным городом. К числу наиболее заметных ансамблей принадлежат архиепископский дворец, библиотека, церковь цистерианцев, дворцы аристократов. Городская базилика стала вторым по размерам храмом Венгрии. Сегодняшний Эгер — настоящая туристическая Мекка, способная порадовать не только достопримечательностями, но и знаменитыми на весь мир винами.