Поездами с 3 пересадками через Париж. Заходите сюда
http://www.bahn.de/... набирайте пункт отправления Strassbourg и прибытия Lissabon - система покажет вам все пересадки и названия компаний перевозчиков. Нажмёте на стрелочку вниз - подробное расписание и пересадочные станции.
Самое быстрое время - 35 часов в пути с пересадками от часа до трёх. Меньше пересадок не получится.
Других вариантов нет. Если не брать в расчёт примерно 12 автобусных пересадок.
Лучше до Парижа или Лиона или Швейцарии на поезде, а там на самолёте (дешевле и быстрее будет) Но... Вы не рассматриваете этот вариант :)
На машине от Страсбурга до Лиссабона я доезжал за 20 часов.