Все перечисленные города прекрасны и не похожи друг на друга. Обязательно посмотрите их все. Если не планируете посещать музеи и церкви, то достаточно будет по пол дня для каждого.
Для перемещения по стране воспользуйтесь многоразовым билетом на 10 поездок. Стоимость такого билета 82 евро для 2 класса и 128 евро для 1 класса. Называется он Rail Pass. Действителен на всей територии Бельгии и подойдет вам, если вы старше 26 лет. Если младше - берите Go Pass, он дешевле.
Вам нужно будет от руки заполнить направление. Если вы хотите посетить Гент и Брюгге за один день, а остановились в Брюсселе, то вы указываете направление "Брюссель - Брюгге", так как Гент находится на пути между ними. Вы можете выйти в Генте, потом снова взять электричку и доехать до Брюгге, не добавляя новой записи.
По билету могут путешествовать сразу несколько человек. Сколько человек путешествует, столько раз надо заполнить графу с датой и направлением.