сэкономить можно на гостинице, как тут уже заметили, даже дешевые гостиницы приличные. номер будет очень маленький, в прямом смысле чуть больше кровати, но чистота везде одинаковая.
еще для бюджетного варианта ограничиться только токио. гиды не так дороги, как кажется, например стоимость одного дня работы гида сопоставима с транспортными расходами одной поездки токио->киото->токио на одного человека. если у вас 1-2 недели на токио, то можно и самому разобраться и спланировать, а если неделя на пол страны, то вы посмотрите только тоннели из окошка поезда.
в супермаркеты на ночь тоже ходить не надо, скидки бывают, если есть такой товар, но рассчитывать на это не надо. тем более в центре нормальных суперов не много. поесть дёшево и безопасно для здоровья можно на каждом углу.