Самостоятельно пересечь границу может быть сложно, а при покупке экскурсии (обычно они с трансфером) никаких проблем не должно быть. Сам процесс заключается только в проверке паспорта и не занимает много времени.
Если будет необходимость, можем порекомендовать гидов или турфирму в Израиле.
У Израиля и Иордании мирный договор, так что штамп Израиля в паспорте никоим образом не вредит для путешествий по Иордании. В моем профиле есть ссылка на сайт там есть вся информация по поездкам в Иорданию и по Израилю.