если бронь единая, то вся перевозка трансферная. Виза не нужна в этом случае, скорее всего багаж будут регистрировать до Бангкока, т.к. Бангкок -Самуи это внутренние линии и на Самуи нет таможенно-пограничного досмотра. Какие у вас авикомпании? И как покупали билеты ? В кассе или через интернет?
Если в кассе, то обратитесь , они вам разъяснят. А если через интернет, то возможно это не бронь одна ,а номер заказа в интернете. Можете позвонить в колцент авиакомпании и уточнить. Если билеты разные,есть вероятность получения багажа в каждом пункте.