Здравствуйте! Итак, по частям:
-Puente la Reina: Т.к. прямых автобусов до Пуэнте ла Рейна нет, то Вы можете от Мадрида (автовакзал находится по адресу: Avenida de América 9, 28042 Madrid) доехать до Памплоны, и в Памплоне пересесть на автобус Памплона-Тафайа, на пути в Тафайа он делает остановку в Пуэнте ла Рейна. Единственное при покупке билетов уточните что Вы едите в Пуэнте ла Рейна, т.к. есть прямые рейсы Памплона-Тафайа, и есть с остановкой в этом городке. Если вы хотите зарезервировать билеты заранее, то Вы можете это зделать здесь
http://www.alsa.es/-Рuente del Paso Honroso: мост через реку Орбиго, он находится в небольшом городке под названием Hospital de Órbigo, в провинции Castilla y León. Добраться до него Вы можете так же на автобусах ALSA. Так, из Мадрида Вам нужно доехать до Леона, и там сделать пересадку на автобус Леон-Фуэнтеснуэвас. При покупке билетов опять таки не забудьте уточнить что Вам нужно в Оспиталь де Орбиго, т.к. есть прямые рейсы и с остановкой в этом городке.
Касательно Мадрид-Уэска, насколько я знаю прямых автобусов в этом направлении нет. Вы можете доехать до Уэски на поезде ( вся инфо. здесь
http://www.renfe.com/viajeros/index.html). Поезд уходит с вокзала Madrid-Chamartín, адрес: C/ Agustín de Foxa, s/n.
И относительно Iglesia de Santa María de Eunate - думаю, что будуче в Пуэнте ла Рейна Вы можете сесть на автобус до близлежащего городка Обанос ( 3 км.), и от него пройтись пешком до монастыря (300- 400м.). Кстати расписание работы монастыря : вторник-воскресенье с 10:30 до 13:30, и с 16:00 до 19:00.
Удачи!