Проблем с пересечением границ не может быть по определению. Вы въезжаете в Испанию по испанской визе, выезжаете из Шенгена также через Испанию. Между Испанией и Португалией никакой границы / паспортного контроля быть не должно (ибо Шенген).
По автобусам, к сожалению, чего-то конкретного посоветовать не могу. Сам пару лет назад добирался из Порту в Лиссабон на скоростном поезде (очень похож на поезд Аллегро, курсирующий между Питером и Хельсинки, только по более адекватным ценам). Билеты покупал из России (удаленно) через этот сайт:
http://www.cp.pt/...
