Фишка в том, что прямой дороже, чем с пересадкой. Туркишами из Белграда в Москву, с пересадкой в Стамбуле 12 т. стоит. В Вашем случае, когда нет нужды лететь в Питер, то, да, можно и через Питер лететь, а в Москве сойти, только с багажом будьте предусмотрительнее.
Во-первых да, с багажом нужно сразу предупредить и может даже стыковку выбрать подлиннее для того чтобы подозрений не возникло на регистрации. Ну и если в одно сторону - то да, имеет смысл, а если туда-обратно, то такое не прокатит даже если обратно на самом деле будете вылетать из Питера.