По сообщению руководства компании «Когалымавиа», технические неполадки самолёта, как и человеческий фактор, в качестве причины авиакатастрофы исключены.
Согласно мнению специалистов авиакомпании, причиной крушения явился «внешний фактор», который должен быть выявлен в ходе расследования. Официально версия террористического акта не рассматривается, однако исключать её нельзя, заявили в компании. В пользу этой версии, по мнению сотрудников авиаперевозчика, говорит и тот факт, что большинство авиакомпаний, выполнявших ранее перелеты над Синаем, сразу после катастрофы изменила маршруты и начала облетать Синайский полуостров.
В результате исследования обломков самолёта, тем не менее, следов взрывчатых веществ не было обнаружено.
При этом сотрудникам авиакомпании пришлось признать, что в 2001-м году потерпевший крушение самолёт получал повреждения хвостовой части в результате жесткой посадки в Каире, и некоторое время не совершал полёты. Стало известно, что после той аварии лайнер находился на ремонте в Тулузе на заводе компании «Эйрбас». В руководстве заявляют, что самолёт был отремонтирован в соответствии со всеми требованиями и получил все необходимые допуски к полётам.
В данный момент туроператор Brisco не отказывается от сотрудничества с авиакомпанией «Когалымавиа», что вероятно связано с появившейся в СМИ информацией о том, что данный туроператор аффилирован с перевозчиком «Когалымавиа». Это значит, что владеет компаниями одно и то же юридическое лицо. При этом один из владельцев авиаперевозчика является также одним из владельцев и руководителей Brisco.
Сейчас Brisco опровергает заявления о том, что туристы массово аннулируют туры в Египет, купленные ранее у туроператора — число аннуляций невелико, авиарейсы выполняются согласно расписанию.
Пока что в «Когалымавиа» продолжается проверка Росавиации и Ространснадзора, сотрудники допрошены как свидетели по делу о пострадавшем рейсе.
