оптимальное начало, как уже было сказано в первом ответе, - это прямой самолет Москва-Пиза Победой или С7.
далее: прямых автобусов из аэропорта Пизы в Сиену я не знаю, поэтому дальше предлагаю поезд: нужно добраться из аэропорта до жд станции Пизы (пешком 10 минут или на специальной линии PisaMover за 2.70 евро), а там сесть на поезд до Сиены с пересадкой в Эмполи (стоит 10.80 евро, расписание на www.trenitalia.com).
есть вариант, сначала добраться до Флоренции (ходят автобусы прямо из аэропорта), а там уже сесть на скоростной автобус до Сиены с автовокзала. но это вариант подольше и подороже.
есть, конечно, еще аэропорт в самой Флоренции, но из Москвы это с пересадкой через Рим, хотя Алиталия пару лет назад давала на весну неплохие скидки на такой вариант.