Самый удобный способ - это электричка. От корабля за 15 минут пешком можно дойти до ж/д станции (куда толпа идет, туда и вы, дорога там одна). Можете доехать до Ватикана (остановка San Pietro, от нее 5 минут пешком до Ватикана), или дальше до центрального вокзала Рима (остановка Roma Termini). Ехать около 50 мин. Быстро и удобно.
На выходе с территории порта будете проходить мимо старого форта - это главная ее достопримечательность. Ну и есть парочка исторических объектов и памятников на набережной.
Мы тоже были в круизе по Средиземноморью недавно. И это место уже знаем полностью. Если что, обращайтесь.