Полагаю, что только Вы и Ваши коллеги по работе знаете какая у Вас на работе ситуация с прогулами. В любом случае надо явно созваниваться с непосредственным руководителем и объяснять ситуацию, договариваться о том, что эти дни пойдут в счёт отпуска, например.
Но в целом я согласна с предыдущим ответом - постарайтесь найти другой вид транспорта, что б не опаздывать, если есть опасность потерять хорошую работу.